In de vroege ochtend van maandag 3 mei 1943, omstreeks 08.30 uur, werd Harm Bos tijdens zijn werkzaamheden in zijn woonplaats Elp gearresteerd door medewerkers van de Sicherheitsdienst (SD). Hij werd ervan verdacht samen met enkele andere jongemannen betrokken te zijn geweest bij de brandstichting van zes boerderijen van NSB’ers in de omgeving van Elp.
Na zijn arrestatie werd Harm Bos overgebracht naar de marechausseekazerne in Westerbork. Later die dag volgde overbrenging naar het Huis van Bewaring in Assen. In de late avond van 3 mei werd hij naar Leeuwarden vervoerd om daar voor het Duitse Polizeistandgericht te verschijnen.
De andere jongemannen die gelijktijdig met hem waren gearresteerd, werden weer vrijgelaten. Harm Bos bleef als enige vastzitten. Het Standgericht achtte hem verantwoordelijk voor de vermeende brandstichtingen en veroordeelde hem zonder een eerlijk proces ter dood. De beschuldiging luidde dat hij “samen met een aantal anderen” zes boerderijen in brand zou hebben gestoken.
Na zijn veroordeling door het Duitse Polizeistandgericht bleef Harm Bos in Leeuwarden gevangen. Op de ochtend van 5 mei 1943 werd hij samen met Jan Eisenga naar de schietbaan aan het Kalverdijkje bij Leeuwarden gebracht.
Om 10.45 uur werden de doodvonnissen voltrokken. Harm Bos en Jan Eisenga werden door een Duits vuurpeloton geëxecuteerd. Van hun laatste gang naar de executieplaats is een bijzondere historische foto bewaard gebleven. Op deze foto lopen Jan Eisenga en Harm Bos onder zware bewaking van Duitse militairen naar de schietbaan. Het is één van de weinige bekende foto’s waarop slachtoffers van de April-Meistakingen kort vóór hun executie zijn vastgelegd.